–  Отдела делопроизводства и организационной работы

–  Отдела информационной политики и развития медиаресурсов

–  Отдела внутреннего контроля, аудита и противодействия коррупции

–  Главный консультант обеспечивающий охрану труда и гражданскую оборону

–  Управлением государственной гражданской службы и кадров, в структуру которого входят:

• Отдел по вопросам государственной гражданской службы

• Отдел кадровой работы в отношении руководителей подведомственных организаций

–   Департамента контрольно-надзорной деятельности и оценки качества образования Министерства, в структуру которого входят:

• Отдел контроля и надзора в сфере образования

• Отдел лицензирования, государственной аккредитации, подтверждения документов об образовании

• Отдел оценки качества образования и проведения государственной итоговой аттестации 

–   Территориальных органов Министерства образования и науки Луганской Народной Республики

• Отдел осуществления мониторинга и управленческого учета

• Отдел инфраструктурного планирования и развития

• Отдел развития кадрового потенциала и аттестации педагогических работников

• Отдел цифровой трансформации и анализа данных

–  Отдела профессионального образования и профессионального обучения

–  Отдела правового обеспечения 

–  Отдела проектной деятельности

–   Департамента финансового-экономической деятельности и бухгалтерского учета, в структуру которого входят:

• Отдел финансового обеспечения

• Отдел финансовой и бухгалтерской отчетности

• Отдел бюджетного планирования

• Отдел бухгалтерского учета

–   Управления общего образования, в структуру которого входят:

• Отдела общего и кадетского образования

• Отдела дошкольного, специального и инклюзивного образования

–   Управлением по вопросам воспитания, дополнительного образования и профилактики, в структуру которого входят:

• Отдела воспитания и профилактики

• Отдела дополнительного образования, организации отдыха и оздоровления детей

–   Управлением по вопросам опеки и попечительства в отношении несовершеннолетних детей, в структуру которого входят:

• Отдела координации деятельности органов опеки и попечительства в отношении несовершеннолетних детей

• Отдела координации обеспечения жилищных прав детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей и ведения регионального банка данных